Alors que tout le monde le considère encore comme un enfant, Paolo part, accompagné de son fidèle compagnon Tuco, à la quête du Grand Condor afin de sauver son village.
Paolo est un jeune garçon d'un petit village du Chili. Seulement suite à la construction du nouveau palais du Royal Empereur Pachacuti, la montagne menace de s'effondrer sur son village. Paolo se lance alors avec son Alpaga Tuco à la quête de l'animal le plus sage de la Cordillère des Andes : le Grand Condor. Il est le seul à pouvoir l'emmener voir Pachamama, la déesse protectrice de la nature, qui aurait le pouvoir de sauver les siens.